Η Αυτοκρατορία των Μογγόλων (1206 - 1368 μ.Χ.), πρόγονος της μελλοντικής δυναστείας Γιουάν (元 - Yuán, 1279 - 1368 μ.Χ.), ήταν μια αυτοκρατορία που κυριάρχησε στην Ασία και στην ανατολική Ευρώπη τον 13ο και 14ο αιώνα. Ιδρυτής της ήταν ο Τζένγκις Χαν (1162 - 1227), ο οποίος το 1206 ένωσε όλες τις μογγολικές φυλές και δημιούργησε ενιαίο κράτος. Ο αυτοκράτορας ονομαζόταν Χαν και είχε απόλυτη εξουσία. Στο απόγειό της κάλυπτε 26.000.000 τ.χλμ., το ένα πέμπτο της Γης, όντας η μεγαλύτερη συνεχόμενη αυτοκρατορία στην ιστορία. Ο πληθυσμός που κατοικούσε στη μογγολική αυτοκρατορία έφτανε τους 100.000.000 ανθρώπους. Οι πόλεμοι που έλαβαν χώρα στην Ανατολή για την επέκταση της αυτοκρατορίας θα μπορούσαν να θεωρηθούν ως ένας αρχαίος «Παγκόσμιος Πόλεμος», καθώς οι Μογγόλοι αντιμετώπισαν υπερδυνάμεις εκείνης της εποχής από την Ασία, την Ευρώπη και την Αφρική και οι νεκροί στις μογγολικές κατακτήσεις έφταναν τεράστιους αριθμούς (30.000.000 με 60.000.000). Παρά τις συνεχείς επεκτάσεις και κατακτήσεις των Μογγόλων, χάρη στη δημιουργία μιας χερσαίας αυτοκρατορίας τέτοιου μεγέθους, ιδέες και νέες τεχνολογίες από την Ασία μεταφέρθηκαν στην Ευρώπη και άνοιξε ο δρόμος του μεταξιού.
Παρ' όλα αυτά, ο εμφύλιος Πόλεμος της Διαδοχής του Μόνγκε Χαν (1260 - 1264 μ.Χ.) μεταξύ του Κομπλάι Χαν και του νεαρότερου αδελφού του Αρίκ Μποκέ αποδυνάμωσε την αυτοκρατορία, με τη Χρυσή Ορδή, μογγολικά και τουρκικά φύλα που εισέβαλαν στην Ευρώπη (1240 - 1502 μ.Χ.) και το χανάτο του Τσαγατάι να αρνούνται την κυριαρχία του Κουμπλάι Χαν και να καταλήγουν ανεξάρτητα κράτη. Από τον θάνατο του Κουμπλάι Χαν (23 Σεπτεμβρίου 1215 - 18 Φεβρουαρίου 1294) και μετά, η Μογγολική Αυτοκρατορία χωρίστηκε σε τέσσερα διαφορετικά χανάτα/αυτοκρατορίες με το καθένα να έχει διαφορετικά ενδιαφέροντα και σκοπούς. Όμως η Μογγολική Αυτοκρατορία παρέμεινε δυνατή. Το χανάτο της επικράτειας της σημερινής Μογγολίας και Κίνας, γνωστό και ως «Μεγάλο Χανάτο», μετατράπηκε στη δυναστεία των Γιουάν. Έδρα της αυτοκρατορικής αυλής ορίστηκε το Χάνμπαλικ, το σημερινό Πεκίνο, το οποίο είχε γίνει αυτοκρατορική πρωτεύουσα ήδη από το 1151 μ.Χ. Κατά τα χρόνια της ηγεμονίας του Κουμπλάι Χαν, το Πεκίνο γνώρισε μεγάλη ακμή. Στην ακμή της αυτή τη βρήκε, όταν έφτασε εκεί, ο εξερευνητής Μάρκο Πόλο που την περιέγραψε ως παραμυθένια. Όμως, σταδιακά, η μογγολική κυριαρχία στην Κίνα άρχισε να φθίνει (1368 μ.Χ.), αν και η δυναστεία Μπορζιγκίν διατηρήθηκε στη Μογγολία μέχρι και τον 17ο αιώνα.
Οι περισσότεροι δυτικοί ερευνητές αποδέχονται τη στερεότυπη ερμηνεία ότι οι Μογγόλοι του 13ου αιώνα ήταν απλώς βάρβαροι και άρπαγες επιδρομείς με μοναδική τους επιδίωξη τη σφαγή, το πλιάτσικο και την καταστροφή. Τούτη η αντίληψη βασισμένη κυρίως σε περσικές, κινεζικές και ρώσικες αφηγήσεις, διαμόρφωσε την εικόνα των Μογγόλων και του Τζένγκις Χαν αποσπώντας την προσοχή από τις σημαντικές προσφορές που έκαναν στον πολιτισμό του 13ου και του 14ου αιώνα.
Πέραν του γεγονότος ότι οι Μογγόλοι είναι κατά κύριο λόγο εκείνοι που επαναπροσδιόρισαν πολιτισμικά τη σχέση Ανατολής και Δύσης σε έναν ευρύτερο γεωγραφικά χώρο από εκείνον που είχε προσδιορίσει ο Αλέξανδρος, συνδέοντας την Ευρώπη και την Ασία με νέους εμπορικούς δρόμους, επιπλέον η κυριαρχία των Μογγόλων στην Κίνα είχε ως αποτέλεσμα την επιρροή του θιβετιανού βουδισμού και των κομφουκιανιστών λογίων στην πολιτική, ιδιαίτερα στην εποχή του Κουμπλάι Χαν. Είναι γνωστές οι κατασκευές τεράστιων οδικών δικτύων και ταχυδρομικών σταθμών σε όλο το αχανές βασίλειο, αλλά και η συμβολή των Μογγόλων προς τις επιστήμες. Εντέλει, υπήρξε σημαντική η ενθάρρυνση των εμπόρων να ακολουθήσουν τους χαραγμένους δρόμους του εμπορίου που ουσιαστικά διέτρεχαν όλη την Ασία έως την κινεζική επικράτεια.
Οι Μογγόλοι αυτοκράτορες της δυναστείας Γιουάν ήταν γενικά αρκετά ανεκτικοί ως προς τη θρησκεία μέσα στη σφαίρα επηροής τους. Ωστόσο, ο Κουμπλάι Χαν δεν ενδιαφέρθηκε πολύ για τον κομφουκιανισμό. Επίσης διέταξε να καούν τα έργα της ταοϊστικής λογοτεχνίας. Κατά τη διάρκεια του Κουμπλάι Χαν υπήρχαν στην Κίνα 42.318 μοναστήρια με 213.148 μοναχούς.
Η αυτοκρατορική αυλή των Γιουάν εξέδωσαν ένα διάταγμα με το οποίο απαγόρευαν στην εθνότητα των Χαν, δηλαδή τους Κινέζους, να μαθαίνει Γου Γι (武藝 - Wǔ Yì) και να οπλοφορεί. Υποστήριξαν όμως και ενεθάρρυναν την εξάσκησή του μεταξύ των ομοεθνών τους. Όρισαν, λοιπόν, πως κάθε Μογγόλος θα πρέπει να είναι δεξιοτέχνης στην πάλη, την ιππασία και τη σκοποβολή.
Το 1245, ο Κουμπλάι Χαν και ο στρατός του, προτού γίνει ο πρώτος αυτοκράτορας της δυναστείας Γιουάν, έμειναν στο Σαολίν. Έχτισαν πάλι τον ναό, προσέφεραν γη και υλική υποστήριξη. Κατά τη διάρκεια των χρόνων σχηματισμού της δυναστείας των Γιουάν, ο Κουμπλάι Χαν βοήθησε τον ναό να έχει ηγετική θέση, διέταξε όλους τους βουδιστικούς ναούς στην Κίνα να καθοδηγούνται από τον ναό Σαολίν διορίζοντας ηγούμενο του ναού τον Φου Γιου (福裕 - Fú Υù, 1203 – 1275 μ.Χ.). Ο Φου Γιου εγκαθίδρυσε ναούς σε διάφορες περιοχές. Κατά τη βασιλεία του Κουμπλάι Χαν κατέλαβε τη θέση του «Γενικού Επιμελητή της Βουδιστικής Εκπαίδευσης» (总领释教 - Zǒng Lǐng Shì Jiào - Ζονγκ Λινγκ Σι Τζιάο) και το 1312 του απονεμήθηκε μετά θάνατο ο τιμητιμός τίτλος του «Δούκα των Τζιν» (晋国公 - Jìn Guó Gōng - Τζιν Γκουό Κουνγκ) από τον αυτοκράτορα Μπουγαντού Χαν, επίσης γνωστό και ως Ζαν Ζονγκ (仁宗 - Rén Zōng) της δυναστείας Γιουάν.
Στα χρόνια της δυναστείας των Γιουάν, το έτος 1312 μ.Χ., ο μοναχός Τα Τζι (大智 - Dà Zhì, 1290 - 1366 μ.Χ.) ήρθε στον ναό Σαολίν από την Ιαπωνία. Αφού σπούδασε πολεμικές τέχνες, άοπλη μάχη και κοντάρι για σχεδόν δεκατρία χρόνια (1324 μ.Χ.), επέστρεψε στην Ιαπωνία και διέδωσε εκεί το Σαολίν Κουνγκ Φου. Αργότερα, το 1335 μ.Χ., ένας άλλος βουδιστής μοναχός, ο Σάο Γιουάν (邵元 - Shào Yuán, ιαπ: Shoogen), ήρθε στο Σαολίν από την Ιαπωνία. Κατά τη διάρκεια της παραμονής του μελέτησε καλλιγραφία, ζωγραφική, θεωρία Τσαν (禪 - Chán / Zen) και Σαολίν Κουνγκ Φου. Επέστρεψε στην Ιαπωνία το 1347 μ.Χ. και θεωρήθηκε ως «Πνεύμα της Χώρας» από τον λαό της Ιαπωνίας. Αυτό επιβεβαιώνει ότι οι πολεμικές τεχνικές Σαολίν εισήχθησαν στην Ιαπωνία πριν από τουλάχιστον εφτακόσια χρόνια.
Το 1220 μ.Χ. ο ηγούμενος Τζου Τσι (住持 - Zhù Chí) Τζι Λονγκ (志隆 - Zhì Lóng, 1217 - 1223 μ.Χ.) ίδρυσε το Φαρμακείο Σαολίν (少林药局 - Shào Lín Yào Jú - Σάο Λιν Γιάο Τζου).
Ο μοναχός Τζουέ Γιουάν (覺遠 - Jué Υuǎn) ταξίδεψε στην Κίνα κατά τη διάρκεια των δυναστειών Τζιν (金 - Jīn, 1115 - 1234 μ.Χ.) και Γιουάν, συνάντησε άλλους δεξιοτέχνες του Κουνγκ Φου, τους έφερε στον ναό και μαζί εμπλούτισαν τις ρουτίνες της πολεμικής τέχνης του Σαολίν σε περισσότερες από εκατόν εβδομήντα. Εξέτασε επίσης τις παλιότερες ρουτίνες των Πέντε Ζώων (五形 - Wǔ Xíng - Γου Σινγκ) και ανέπτυξε τις μορφές πυγμαχίας του δράκου, του πάνθηρα, του φιδιού, της τίγρης και του γερανού.
Οι διάδοχοι του Κουμπλάι Χαν ήταν σε θέση να κυβερνούν σε σχετική ειρήνη και ευημερία μέχρι το τέλος της δεκαετίας του 1340. Εκείνη την εποχή, μια σειρά από ξηρασίες και πλημμύρες προκάλεσαν λιμό στην κινεζική ύπαιθρο. Οι άνθρωποι θεώρησαν ότι οι Μογγόλοι είχαν χάσει τηνΕντολή του Ουρανού. Η εξέγερση των Κόκκινων Τουρμπανιών (紅巾起義 - Hóng Jīn Qǐ Yì - Χονγκ Τζιν Τσι Γι, 1351 – 1368 μ.Χ.) ξεκίνησε το 1351, αντλώντας τα μέλη της από τις πεινασμένες τάξεις της αγροτιάς και κατέληξε στην ανατροπή της δυναστείας των Γιουάν το 1368 μ.Χ.