Ο συνταγματάρχης Φαν Τσουνγκ Σιόου (樊钟秀 - Fán Zhōng Xiù) καταγόταν από το χωριό Σια Τζουάνγκ (夏庄 - Xià Zhuāng) της περιοχής Πινγκ Ντινγκ Σαν (平顶山 - Píng Dǐng Shān, 1888 - 1930 μ.Χ.). Το 1901 είχε μελετήσει το Σαολίν για τρία έτη ως μαθητής του σεβάσμιου δασκάλου Σι Χανγκ Λιν (释恒林 - Shì Héng Lín) και είχε αναπτύξει δυνατή φιλία με τον σεβάσμιο Σι Μιάο Σινγκ (释妙兴 - Shì Μiào Χìng, 1891 - 1927). Το 1922 ο συνταγματάρχης Φαν Τσουνγκ Σιου επισκέφτηκε και πάλι τον ναό Σαολίν. Δώρισε 400 γιουάν (元 - Yuán) βοηθώντας τους μοναχούς να αγοράσουν αγαθά για την επιβίωσή τους.
Το φθινόπωρο του 1923, ο Σι Μιάο Σινγκ έγινε ηγούμενος του ναού και ηγήθηκε του πρώτου στην ιστορία των Σαολίν στρατιωτικού τάγματος με στρατιώτες μοναχούς Σαολίν, το επονομαζόμενο Μπάο Γουέι Τουάν (保卫团 - Bǎo Wèi Tuán, κυρ: Αμυντικό Τάγμα) ή «Οι Φύλακες του Ναού».
Τον Φεβρουάριο του 1928, ο Σι Μιάο Σινγκ αποφάσισε να βοηθήσει τον στρατηγό Φαν Τσουνγκ Σιόου απέναντι στα στρατεύματα του Φενγκ Γιου Σιανγκ (冯玉祥 - Féng Yù Xiáng, 1882 - 1948), τα οποία είχαν ήδη καταλάβει το Σιάν (西安 - Xi An) και βάδιζαν προς την επαρχία Χενάν (河南 - Hé Nán).
Στις 6 Μαρτίου, μετά από σφοδρή μάχη στην πόλη Γου Γιανγκ (舞阳 - Wǔ Yáng) εναντίον των στρατευμάτων του Ζαν Γινγκ Τσι (任应岐 - Rèn Yīng Qí, 1892 - 1934), ο μοναχός Σι Μιάο Σινγκ θα χάσει τη ζωή του σε ηλικία 37 ετών. Η σωρός του, καθώς και των υπολοίπων Σαολίν, εγκαταλείφθηκαν στο πεδίο της μάχης με διαταγή του Σι Γιόου Σαν (石友三 - Shí Yŏu Sān). Η μάχη στην πόλη Γου Γιανγκ ήταν η τελευταία μάχη στην οποία πήραν μέρος οι μοναχοί Σαολίν. Ο Φαν Τζουνγκ Σιόου το έσκασε και κρύφτηκε στο Σαολίν.
Στις 15 Μαρτίου του 1928, τα στρατεύματα του Σι Γιόου Σαν άρχισαν να πολιορκούν τον ναό Σαολίν. Τελικά, ο Φαν Τζουνγκ Σιόου αναγκάστηκε να φύγει από τον ναό μαζί με πολλούς από τους μοναχούς. Ο Σι Γιόου Σαν κινήθηκε εναντίον τους και, παράλληλα, για εκδίκηση λήστεψε και έκαψε τον ναό ολοσχερώς. Η καταστροφή ήταν μεγαλύτερη από όλες τις προηγούμενες. Η φωτιά έκαιγε από τις 15 Μαρτίου έως τις 30 Απριλίου. Δεν έμεινε σχεδόν τίποτα από τον κατεστραμμένο ναό, ενώ σκοτώθηκαν πολλοί από τους μοναχούς που είχαν αρνηθεί να τον εγκαταλείψουν.
Όλα τα βασικά κτίρια και οι αίθουσες του ναού παραδόθηκαν στις φλόγες. Η Αίθουσα των Ουράνιων Βασιλέων (天王殿 - Tiān Wáng Diàn - Τιέν Γουάνγκ Ντιέν), η Αίθουσα του Σακυαμούνι (大雄殿 - Dà Xióng Diàn - Τα Σιόνγκ Ντιέν), η Αίθουσα Τζιν Nα Λούο (紧那罗殿 - Jǐn Nà Luó Diàn - Τζιν Να Λούο Ντιέν), η Αίθουσα των Έξι Προγόνων (六祖殿 - Liù Zǔ Diàn - Λιό Ζου Ντιέν), η Αίθουσα Γιάμα (阎王殿 - Yán Wang Diàn - Γιάν Γουάνγκ Ντιέν), η Αίθουσα του Βασιλιά Δράκου (龙王楼 - Lóng Wáng Diàn - Λονγκ Γουάνγκ Ντιέν), οι Πύργοι της Καμπάνας και του Τυμπάνου (钟鼓楼 - Zhōng Gǔ Lóu - Τζονγκ Γκου Λόου) και η Αίθουσα Διαλογισμού (禅堂 - Chán Táng - Τσαν Τανγκ) καταστράφηκαν ολοσχερώς από την πυρκαγιά, καθώς και η Βιβλιοθήκη ή Αίθουσα Ντάρμα (藏经阁 - Cáng Jīng Gé - Τσανγκ Τσινγκ Γκούα) με όλα τα ιερά κείμενα και χειρόγραφα που είχαν συγκεντρωθεί εκεί από την αρχή της ιστορίας του ναού Σαολίν. Πολυάριθμα ιστορικά χειροτεχνήματα, πλήθος κειμένων και χειρογράφων σχετικά με τις πολεμικές τέχνες του ναού καταστράφηκαν. Μετά το πέρασμα του πύρινου ολέθρου ο ναός Σαολίν είχε σχεδόν χαθεί.
Κατά ειρωνικό τρόπο παρέμειναν όρθιες αρκετές πέτρινες στήλες από τους αρχαίους χρόνους που διακήρυτταν ότι ο ναός πρέπει να προφυλάσσεται και να προστατεύεται από κάθε είδους καταστροφή. Ένα ακόμα κειμήλιο που επιβίωσε της κατάστροφης ήταν η τοιχογραφία «Απεικόνηση Σχολής Κουνγκ Φου» (校拳图 - Xiào Quán Tú - Σιάο Τσουάν Του) της αίθουσας Αίθουσα των Λευκών Μανδύων (白衣殿 - Bái Yī Diàn - Μπάι Γι Τιέν) που φτιάχτηκε με σκοπό να χρησιμοποιηθεί σαν ένα μέσο οπτικής καταγραφής, ώστε να μεταφερθεί το Κουνγκ Φου στις μελλοντικές γενιές σε περίπτωση που ο ναός δεχόταν επίθεση και καταστρεφόταν(!). Η τοιχογραφία έμεινε πεισμάτικά όρθια για να διατηρήσει την ελπίδα πως τα μυστικά της τέχνης των Σαολίν δεν είχαν χαθεί. Παραμένει μέχρι και σήμερα και είναι μία από τις σημαντικότερες και διασημότερες του είδους της.
Οι μοναχοί που κατάφεραν να ξεφύγουν από την οργή του εξαγριωμένου πολέμαρχου έφυγαν μακριά, ενώ οι μοναχοί που παρέμειναν υπέφεραν στη διάρκεια των επόμενων χρόνων. Ο ναός Σαολίν ήταν πλέον απαγορευμένο μέρος, όπως επίσης και ο τίτλος του μοναχού Σαολίν. Από τους διακόσιους και πλέον μοναχούς που κατοικούσαν στον ναό ελάχιστοι απέμειναν στο βουνό Σουνγκ (嵩 - Sōng). Εγκαταλείποντας το μεγαλύτερο μέρος από τα ερείπια του ναού, κλείδωσαν τις κύριες πύλες, σταμάτησε η αποδοχή νέων μοναχών και σπουδαστών και συνέχισαν να ζουν στην αφάνεια, στο πίσω μέρος του ναού.
Το 1931 ο ιαπωνικός στρατός κατέλαβε τον έλεγχο της Μαντζουρίας (滿洲 - Mǎn Zhōu - Μαν Τσόου) και το 1936 η Ιαπωνία κατέλαβε την Κίνα. Το 1941 οι Ιάπωνες εισβολείς κατέλαβαν τον ναό Σαολίν καταστρέφοντας για άλλη μια φορά ότι είχε απομείνει από τον φημισμένο ναό και χρησιμοποίησαν τον χώρο του για εκπαιδευτήριο. Όταν το 1949 ανέλαβε την εξουσία το Κινεζικό Κομμουνιστικό Κόμμα (ΚΚΚ) (中國共產黨 - Zhōng Guó Gòng Chǎn Dǎng - Τσουνγκ Γκουό Κονγκ Τσαν Τανγκ) του Μάο Τσε Τουνγκ (毛澤東 - Máo Zé Dōng, 1893 - 1976), δήμευσε τη γη που ανήκε στον ναό και είχε έκταση 13.000 στρέμματα, αφήνοντάς του για χρήση μόνο πέντε. Επίσης, απαγορεύτηκε η εξάσκηση στο Σαολίν, καθώς θεωρήθηκε ως «αντίθετη στην επανάσταση» και μεγάλη απειλή για το κράτος. Οι μοναχοί συνέχισαν να εξασκούνται στο Τσαν (禪 - Chán) και τις πολεμικές τους ικανότητες, αλλά με μεγάλη μυστικότητα. Εκείνοι που έφυγαν από τον ναό εξασκούνταν σε άλλους ναούς ή μόνοι στις περιπλανήσεις τους διδάσκοντας περιστασιακά άλλους και διαδίδοντας την παράδοση του Σαολίν.
Αργότερα, κατά τον Σινο-ιαπωνικό Πόλεμο, ο Σι Γιόου Σαν θάφτηκε ζωντανός.
Η καταστροφή του '28 και η μετέπειτα καταδίωξη του Σαολίν μπορεί να επέφεραν ισχυρό πλήγμα, αλλά δεν κατόρθωσαν να το αφανίσουν. Το Σαολίν παρέμεινε κρυμμένο στις καρδιές αυτών που το αγαπούσαν, όπως ακριβώς είχε διδάξει ο Τα Μο χίλια χρόνια πριν περιμένοντας την ώρα που θα μπορούσε να ανθίσει ξανά.