Όταν ο μογγολικός στρατός νίκησε τη δυναστεία Τζιν στο Πεκίνο, την καταδίωξε ως την πόλη Κάιφενγκ (开封 - Kāi Fēng), όπου είχε μεταφερθεί. Εκείνη την εποχή η μογγολική πρακτική για την πολιορκία μιας πόλης υπαγόρευε σε πρώτη φάση την αποστολή αγγελιοφόρου προς ενημέρωση των αρχών και σε δεύτερη, εάν δεν παραδίδονταν ή εάν αντιστέκονταν, τη θανάτωση και λεηλασία όλης της πόλης. Εκείνη την κρίσιμη στιγμή ο Γουάν Σουνγκ Σινγκ Σιόου συγκέντρωσε μαθητές του, ανάμεσά τους και τον Φου Γιου και έσπευσε στο μογγολικό στρατόπεδο καταφέρνοντας να πείσουν τον Μογγόλο στρατηλάτη και μελλοντικό πρώτο αυτοκράτορα της δυναστείας Γιουάν, Κουμπλάι Χαν, να μην προχωρήσει στη σφαγή. Ο Φου Γιου είχε την ευκαιρία να γνωριστεί με τον μελλοντικό αυτοκράτορα.
Μετά την επικράτησή του και την ίδρυση της δυναστείας Γιουάν, ο Κουμπλάι Χαν κάλεσε τον Φου Γιου να λάβει μέρος σε δημόσιες συζητήσεις με ταοϊστές κληρικούς και λόγιους, καταφέρνοντας να υπερισχύσει η θέση του βουδισμού έναντι του ταοϊσμού. Μετά την επικράτησή του στις συζητήσεις, έλαβε από τον αυτοκράτορα τον τιμητικό τίτλο Γκουάνγκ Ζουνγκ Τσένγκ Φα Τα Τσαν Σι (光宗正法大禅师 - Guāng Zōng Zhèng Fǎ Dà Chán Shī). Αργότερα διορίστηκε ηγούμενος του Σαολίν και ηγήθηκε του ναού από το 1249 έως το 1255.
Ο Φου Γιου, κατά την περίοδο που ηγείτο του ναού, ένωσε όλους τους ναούς του βουνού Σονγκ (嵩山 - Sōng Shān - Σονγκ Σαν) και καθιέρωσε τον ναό Σαολίν ως πατριαρχικό ναό. Ανακαίνισε τον ναό Σαολίν, ο οποίος είχε πολλές φθορές από τα προηγούμενα, ιδιαίτερα εχθοπρακτικά χρόνια. Έλαβε την αυτοκρατορική έγκριση και ίδρυσε πέντε νέους ναούς σε ολόκληρη την Κίνα: στις πόλεις Χούα Λιν (河林 - Hé Lín, νοτιοδυτικά του Κουολόν, σημερινή Μογγολία), Τσανγκ Αν (長安 - Cháng Ān, σημερινή Σιάν - 西安 - Xī Ān), Σου Τζόου (苏州- Sū Zhōu), Τάι Γιουάν (太原 - Tài Yuán) και Λουογιάνγκ (洛陽 - Luò Yáng). Σε κάθε νέο ναό έστελνε έναν μοναχό από το Σαολίν για να αναλάβει ως ηγούμενος. Ο ναός έφτασε στο απόγειό του και έγινε περίλαμπρος. Ως ηγούμενος του ναού Σαολίν ορίστηκε πατριάρχης για όλο τον κινεζικό βουδισμό. Αποτέλεσμα ήταν να γίνει ο πιο δημοφιλής ηγέτης σε όλη την Κίνα.
Μια από τις σημαντικότερες συνεισφορές του Φου Γιου ήταν η αναδιαμόρφωση της θεώρησης του βουδισμού Τσαν (禪 - Chán). Την εποχή που έζησε και ηγήθηκε του Σαολίν συνυπήρχαν στην Κίνα πέντε σχολές Τσαν: η Γκούι Γιανγκ (潙仰 - Guī Yǎng)*, η Λιν Τσι (临济 - Lín Jì), η Φα Γιεν (法眼 - Fǎ Yǎn), η Γιουν Μεν Γουέν Γιεν (雲門文偃 - Yún Mén Wén Yǎn) και η Τσάο Ντονγκ (曹洞 - Cáo Dòng). Ο Φου Γιου ενοποίησε τις πέντε σχολές σε μία καταφέρνοντας να τις ενώσει υπό τη σκέπη της Τσάο Ντονγκ. Οι άνθρωποι συνέρρεαν από όλο τον κόσμο για να ακούσουν τις ομιλίες του και έτσι ο ναός Σαολίν έγινε ακόμη πιο διάσημος. Η συμβολή του Φου Γιου στην εξάπλωση του Σαολίν ήταν τεράστια και γι’ αυτό απέκτησε μερικούς εξαιρετικούς τίτλους. Το 1312 μ.Χ., τριάντα επτά χρόνια μετά το θάνατό του, ο αυτοκράτορας Μπουγαντού Χαν (1285-1320 μ.Χ.), γνωστός και ως Ζαν Ζονγκ (仁宗 - Rén Zōng) της δυναστεία Γιουάν, του έδωσε τον τίτλο του Τα Σι Κουνγκ, Κάι Φενγκ Γι Τονγκ Σαν Σι (大司空、开府仪同三司 - Dà Sī Kōng, Kāi Fǔ Yí Tóng Sān Sī), δηλαδή τιμητικό τίτλο τρίτης βαθμίδας, και στη συνέχεια του απονεμήθηκε ο τιμητιμός τίτλος του «Δούκα των Τζιν» (晋国公 - Jìn Guó Gōng - Τζιν Γκουό Κουνγκ).
Ο Φου Γιου είναι επίσης γνωστός για την άνθιση που γνώρισε η πολεμική τέχνη Σαολίν κατά την παραμονή του στον ναό. Τρεις φορές στο διάστημα που παρέμεινε στο Σαολίν καλέστηκαν οι καλύτεροι πολεμιστές όλης της χώρας για να μείνουν με τους μοναχούς και να μοιραστούν τις γνώσεις τους. Κάθε κάλεσμα διήρκησε τρία χρόνια. Πολεμιστές από πολλά μέρη κατέφτασαν στον ναό Σαολίν και οι μοναχοί κατέγραψαν τις μορφές και τις τεχνικές που παρατηρούσαν. Τα κείμενα αυτά φυλάσσονταν στη βιβλιοθήκη του Σαολίν. Έτσι το Σαολίν μετατράπηκε σε ένα κέντρο πολεμικών τεχνών χωρίς άλλο όμοιο του και άρχισε να χτίζει τη φήμη του «λίκνου των πολεμικών τεχνών».
Το κοιμητήριο Τα Λιν (塔林 - Tǎ Lín - Το δάσος με τις παγόδες) αποτελεί την τελευταία κατοικία των ιεραρχών του ναού μετά τον θάνατό τους. Στο κέντρο του δάσους ορθώνεται μια εξαγωνική παγόδα επτά επιπέδων, η οποία τιμά τη μνήμη του πατριάρχη Φου Γιου. Δίπλα στη παγόδα ορθώνεται μια στήλη που αναγράφει «ο Ιδρυτής» ή Κάι Σαν Ζου Σι (開山祖師 - Kāi Shān Zǔ Shī, κυριολεκτικά: ο ιδρυτής του ανοικτού βουνού), τίτλος που απονέμεται σε έναν μοναχό που ιδρύει έναν ναό. Με αυτόν τον τρόπο τιμούν τον Φου Γιου για την αναγέννηση που επέφερε στον ναό Σαολίν και τον βουδισμό Τσαν.
*Διαβάζεται και: Γουέι Γιάνγκ (潙仰 - Wéi Yǎng).